macOSネイティブのWSJT-XがFTDX5000MPと正常にCATで通信できない問題ですが，いったん，VMWare Fusion上で動く仮想マシンであるWindows 8.1上のN1MM+でCAT接続してから，仮想マシンを終了（ないしサスペンド）して，macOSネイティブのWSJT-X (2.1.2)を動かすと正常にCATで通信することが解りました．
原因については推測の域ですが，macOS版のWSJT-Xに含まれるhamlibが通信ポートの初期化を正しくできないのではないかと思います．いったんWindows版で初期化した後だとOKとなる模様です．
しかし，かつてのMac mini Core i5 2core (late 2014)ではこのトラブルは起きなかったので，ハードに依存する何かがあるのかもしれません．これ以上はどうにも調べられません．
また，VMWare Fusion下の仮想マシンが，WindowsもLinuxもシャキシャキ動くことこの上ないです．もう実機はいらないのではないかと思っています．
Mac mini Core i5では，仮想マシンのWindows 8.1でWSJT-Xを動かしたときは，FT8の信号がまともにデコードできないことが多かったですが，Mac mini Core i7 6core (2018)であるところの新WSでは難なくデコードできますし，交信もできたので送信信号にも問題はないようです．
高速の親機のもとでは，仮想マシンの時間軸のジッタもほとんど生じていないのだろうと推測されます．
2020/01/21注
不思議なことに，新しいMac miniに切り替えた当初はこの症状がときどき出ましたが，その後は全く出なくなりました．