どのハードウェアがプチフリーズをもたらすのか精査するために,まずUSBケーブルでつないでいるディバイス全部とThunderbolt 3のHUBを外しました.Mac miniにはメインディスプレーとサブディスプレーをつなぐUSB-C → HDMI変換ケーブル2本だけとLANのケーブルと電源コードだけがつながった状態です.キーボードとマウスは手持ちのBluetoothのものにしました.もちろんBluetoothが原因かもしれませんが,それは疑いの出た段階で調べます.
この状態でもプチフリーズが頻発します.その時はいつものようにSSDの速度が低下します.

以前のSnap Shotの疑惑もありますからこの時点で14あるSnap Shotを全て削除しましたが,速度低下は改善しません.
そこで,Appleのサポートから言われていた試してほしいことの第1番,「別のアカウントでログインしたらどうなるか」.Apple Accountにログインしろというダイアログがひっきりなしに出て非常にやりにくいのですが,試しました.
別アカウントにログインした直後は次のように,問題ない速さですが完全ではありません.ログイン直後はメインのアカウントで最大のスピードは出ないのでこんなもんだと思います.

そのまま1時間強,Webブラウザで軽い作業をしたり,何もしなかった後.完全に復活しています.

テスト用アカウントでの作業時にはプチフリーズは生じていません.ここで,ごちゃごちゃデータをため込んだメインアカウントに戻ります.

一番ひどい状態ではありませんが,いきなりの速度低下です.プチフリーズも発生します.
ここまでの状況からして,ハードウェアの具合が悪くなったり回復したりして,そのタイミングがアカウントの切り替えとたまたま一致しただけだ,と見るのは無理でしょう.
また,プチフリーズの発生とSSDの速度低下はどちらかが原因か結果であるかは別にして,同時に起きていることは間違いないです.
今後はソフトウェアの状態を見ることにします.果たして見られるのか😓