結局，macOSのCore SpotlightとPagesとiCloudの3者で無限ループして，Metadataを数十GB作って挙げ句にはプチフリーズを起こす，ということで間違いないようです．
律儀にiCloudのPagesフォルダーに日記的な文書を保存しつつ更新していましたが，それをやめて，Google Driveに置きました．それから3週間ちかく経ちますが，Metadataのフォルダーのサイズは200MB台で常識的・良識的範囲内です．
プチフリーズが起こることもなく，ディスクのアクセス速度も正常です．
ということで，本件は解決（というよりworkaroundでごまかす😓）．