ZopeはPythonで動きますが，それぞれのZopeのバージョンが，Pythonのバージョンを細かく指定していて，パッチレベルが合わなくても警告が出ます．マイナーバージョンが違ったら動いてくれません．
旧サーバーで動いていたZopeは，Python 2.3.6で動いていたようです．そこで，Python 2.3.6のbuildを試みましたが，GCC 5.3 x86_64版では全く話しにならないようです．
私としてもZopeの中身は，時々参照する程度でいいので，残してある旧サーバーのディスクイメージをKVMで動かして必要な時に見る，ということにします．