タイトルのまんまですが，/etc/apache2/sites-available/ 内に設定を書いて，
a2ensite そのファイル名
で， /etc/apache2/sites-enabed/ 内にsymlinkを張って，
systemctl restart apache2
でhttpdを再起動して新しい設定を有効化する，なんて手順が必要なのは，どういう発想からそうなったのか，全く理解できません．
もう一つ挙げると，デフォルトで，公開しているディレクトリーのサブディレクトリー内を閲覧できてしまうのもどうかと思います．
その他の利便性が，これらの不便さを今のところ補ってあまりあるので，Debianで行くという方針は変更しません．