なんかこの10年くらいでしょうか，表記の表現をよく聞くようになりました．
会社ってそんなに偉いんでしょうか😓
休暇が有給休暇だとしたら，それをとるのは労働者の当然の権利だし，むしろとらないと困るのは会社のほうだから，「休暇を取ってやる」でも良いんじゃないかと個人的には思います😓 あるいは自己敬語で，「会社に休暇を差し上げさせた」かな（自信なし😓）
それはともかく，たぶん，話者は「いただく」が謙譲語であると言うことを解ってなくて，また敬語のインフレもあって，本来謙譲語である「いただく」が丁寧語として使われているのであろうと推測します．