わが家には何台かのMacintoshがありますが，そのうちの1台，家族用に使用しているMac mini (Core i7 4core)が，メニューからシステム終了または再起動を選んでも，デスクトップ画像が表示されたまま，先に進んでくれないという問題です（放っとけばいつまでもそのままです）．
この状態で，ドックはまだ生きています．ドックから適当なアプリを選ぶとメニューも復活するので，そこから，ログインウィンドウを選んでなんだかんだで終了させていました．
Mac OS Xの最新版を使用しています(El Capitan, 10.11.6)．
El Capitanにしたときか，その少し前からこの症状が続き，ときどき検索するんですが，ズバリという解決策が見つかりません．OSのインストールし直しとか，Wacomタブレットのドライバーの削除など，書いてあることをやってみましたが，改善なしです．
結論的には，このページに答えが書いてあります．
リンク切れ等に備えて以下にメモっときます．
ls -l /Library/Audio/Plug-Ins/HAL
で確認して，
Avid CoreAudio.plugin
または，
Digidesign CoreAudio.plugin
というディレクトリーが見つかったら，ディレクトリーごと削除します．
sudo rm -rv /Library/Audio/Plug-Ins/HAL/Avid\ CoreAudio.plugin
または，
sudo rm -rv /Library/Audio/Plug-Ins/HAL/Digidesign\ CoreAudio.plugin
です．このときまだ，メニューからの終了・再起動は失敗しますので，
sudo reboot
かけましょう．
筆者のケースでは，“Digidesign CoreAudio.plugin”がありました．タイムスタンプは2011年とかでした．
完全なクリーンでは使い物にならないので，Time machineからデータの復旧をしました．このため，下記のディレクトリーが復活してしまったんですね．
残念ながら，日本語のサイトは役に立たない情報が多いです．