条件がいろいろ違う
発掘した場所，元の時代などによっていろいろメールファイルの形態（ヘッダーに含まれる情報や型式，文字コード等）が違いますので，なかなか一筋縄ではいきません．
一応，昔の発掘したメールファイルの回復方法を書いときます．最終的には手作業で，メールヘッダー部分を修正する必要があることが多いです．
取り出して一通ずつ切り分ける
まず，何とかして取り出して，一通ずつに切り分けます．どこからもってくるかによって全部つながっていたり，個別に分かれていたりしますね
メールが数百とかある場合は，Perlスクリプトなどで処理するのが現実的ですね．
文字コードをUTF-8に整える
文字コード変換が必要な場合，扱うOSでネイティブな文字コードに変換してしまうのが楽です．わたしの場合は，MacとLinux + KDEが主なので，迷わずUTF-8です．
nkfを使うか，Kateなどの高機能エディターでUTF-8にします．数が多い場合は，bashでnkfを連続で回すのが良いでしょうね．
ヘッダーを整える
文字コードを変換した場合，ヘッダーの当該部分を，
Content-Type: text/plain; charset="UTF-8" Content-Transfer-Encoding: 8bit
にします．数が多ければsedを使うのがよいでしょう．
なお，比較的新しいメールについては，ヘッダー内のタイトル（Subject）はMIME化されていて，また，本文の文字コードと，ヘッダーの上記部分の整合性もいいので，文字コード変更（とそれに伴うヘッダー修正）は行わない方が良いです．
ヘッダーの修正
文字コード以外のヘッダーの修正が必要なことが多いです．
一番引っかかる（IMAPクライアントのヘッダー解析でエラーになってしまう）のが，
>From だれそれ
というヘッダーです．これは，ざっくり削除しました．
sed -i '/^>From /d' *
（Mac OS X付属のsedは，GNU sedではないようで，上記の方法はNGです．）
ただし，手持ちの古いファイルの一部は，このヘッダーのみに日時が含まれている（「だれそれ」の後に付いている）ので，これをDate:行に書き換える必要がありました．
できたファイルをThunderbirdで読み込む
できたファイルの拡張子は，”eml”にします．
IMAPのサーバーでも良いし，ローカルでも良いので空のフォルダーを，Thunderbirdで作ります．そこへ（Thunderbirdへ），整えたemlファイルをdrag & dropします．
確認して必要ならば修正
読み込んだメールの日時やタイトル，本文を確認して，うまくいってなければ個別に文字コードやヘッダーを修正して再度読み込ませます．
Thunderbirdが依然としてエラーを出すヘッダーのあるemlについては，emlをuploadした直後に，downloadに失敗します（uploadはノーチェックのようです）ので，小分けにして読み込ませるのが良いようです．
制限
このようにして，Thunderbirdでは，エラーなく復活できたメールを正常に相手，日時，タイトルなどをリスト表示できて，本文の表示もできます．
いっぽうで，このようにThunderbirdからIMAPサーバーにuploadしたメールについて，Mac OS Xの”Mail”や，iPhoneなどのiOSの「メール」でアクセスすると，リストには日時が正常に表示されず，Thunderbirdでemlをuploadした日時が表示されるものがあります．また，リストには「本文がありません」と表示されるものもあります．
この，Mac OS Xと，iOSのMailでのリスト表示の不具合はなんとも不可思議で，同じように処理したつもりでも，リストに日時が正常に表示されるものと，uploadの日時になってしまうものがあります．両者のヘッダーを穴の開くほど眺めましたが，違いが分かりませんでした．
内容表示は正常なのでよしとします．時間順が重要な場合は，Thunderbirdで読むことにします．
効能^^;
この方法でかなり多くのメールを復活させました．2000年前後が主ですが，1994年頃のものもあります．
この人とは，この頃こういう交流をしていたのだ，などと懐古しています^^;
亡くなった先輩とのメールなど読み返すと，いろいろ思うところがあります．仲の良い先輩で，ある意味友だち付き合いしていました．あんまり失礼な書きぶりがなくてほっとしています．