ついに，El Capitanのディレクトリー書き込み禁止問題と遭遇しました．CPANの半自動updateです．
普通にinstallをかけると/usr/bin, /usr/libに書き込もうとしてエラーとなります．それを避けるにはオプションでインストールする先を変えれば良いようです．
http://apple.stackexchange.com/questions/210125/el-capitan-sip-and-cpan/217553#217553
/usr/local以下にはあんまりインストールしたくないので，/opt/binにしてみました．