ブートしなくなったのにはいろいろ複雑な原因が絡んでいるようです．
ひとつは，USB-SSDドライブに供給する電流の不足と思われます．ぎりぎり足りたり足りなかったりするので，USB2なら虹まで進むのにUSB3では虹まで進まないのでしょう．
電流問題を避けるためSDカードからブートさせてみようと，手持ちの32GB SDカードに，SSDの内容を移して，cmdline.txtと/etc/fstabのディスクの既述をPARTUUIDにして起動させたら，あっさり起動しました．何もしてないのに壊れたのは，筆者のせいではなかったようです．
USB-SSDドライブについても，cmdline.txtの内容を見直して，elevationなんとかと，fsckなんとかを外して，Slackware ARMのものとほぼ同じ内容にしてみたところ，起動するようになりました（ただし，USB2か，USB3の上のポートのみOK）．
しかし，rootでログインして，一晩そのままアイドル状態にしておいたところ，途中でUSBドライブがディスコネクトされて，朝には正常動作しなくなっていました．
USBドライブを使うには，外部電源式のUSB-HUBを間に入れるしかなさそうです．